Nel Dna oscuro si cercano le varianti che causano malattie

Si chiama Sting-seq la nuova tecnica di analisi che permette di identificare le varianti genetiche all'origine di molte malattie, anche quando si trovano nel cosiddetto 'lato oscuro' del genoma, cioè in quel 98% del Dna che non serve a codificare proteine. Il risultato è pubblicato su Science dai ricercatori della New York University e del New York Genome Center.

Sting-seq costituisce un nuovo approccio che combina tre elementi: gli studi di associazione sull'intero genoma (Gwas), che confrontano i genomi all'interno di grandi popolazioni per trovare le varianti presenti con maggiore frequenza nei soggetti con una specifica caratteristica o malattia; la tecnica Crispr, che con le sue forbici molecolari permette di riscrivere in modo preciso il Dna; infine il sequenziamento di singole cellule, per valutare l'espressione di geni e proteine.

I ricercatori hanno applicato questo metodo per identificare le varianti genetiche responsabili di diverse caratteristiche delle cellule del sangue (piastrine, globuli rossi e bianchi). Partendo da studi di associazione condotti su oltre 750.000 persone, hanno identificato 543 regioni del genoma che potrebbero giocare un ruolo. Hanno quindi usato una particolare versione della Crispr che permette di silenziare precise regioni del genoma. Con il sequenziamento a singola cellule sono poi andati a verificare quali geni nelle vicinanze risultavano accesi o spenti. Una volta identificata la variante genetica legata a una caratteristica o malattia e il gene bersaglio su cui va ad agire, resta da capire se ne potenzia o inibisce l'espressione. Per questo i ricercatori hanno usato un approccio complementare, beeSting-seq, che sfrutta la Crispr per inserire una variante genetica invece che inibire soltanto quella regione del genoma.

I ricercatori affermano che Sting-seq e beeSting-seq potrebbero essere usati per identificare le varianti responsabili di molte malattie che possono essere trattate con l'ingegneria genetica o con farmaci che agiscono su particolari geni o meccanismi cellulari.