Dal 1993/94 al 1994/95 ha allenato il Verona in B, per poi passare al Cosenza. Nel 1996/97 il Piacenza gli ha affidato la prima panchina in A e Mutti ha ripagato la società emiliana conquistando la salvezza. Il Napoli non ha poi creduto in lui e dopo appena cinque partite lo ha esonerato, senza peraltro evitare la retrocessione. Nel 1998/99 è ripartito dall'Atalanta senza riuscire a tornare in A. Dopo due stagioni a Cosenza ha guidato il Palermo, neopromosso in serie B, conquistando la salvezza. Nel giugno 2002 è stato assunto dalla Reggina, che lo ha però licenziato dopo otto giornate. Dal 10 ottobre del 2003 ha preso la guida tecnica del Messina, con cui ha conquistato la promozione in A e successivamente la salvezza. Dopo la stazione 2005/2006 è passato al Modena e poi alla Salernitana.
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