Nel terzo capitolo incentrato sull'alieno blu simile a un riccio con il potere della supervelocità, Sonic, Knuckles e Tails si ritrovano a dover fronteggiare un nuovo e formidabile nemico: Shadow, un misterioso villain con poteri mai visti prima. Con le loro abilità messe alla prova in ogni modo, il Team Sonic deve cercare un'alleanza inaspettata per fermare Shadow e proteggere il pianeta.